虐杀原形剧情及游戏流程详解， 要了解《Prototype》的全部情节，第一件事是查明阿历克斯墨瑟的身份。
游戏的主角阿历克斯墨瑟被他带出来的病毒感染了。从停尸房醒来后，他发现自己完全不知道自己之前做了什么。然而，与此同时，他也获得了非凡的权力。
当主角杀死路人或敌人时，他可以吸收他们的记忆、能力甚至变得和他们一样。随着被杀死的敌人和路人数量的增加，默瑟的能力也会逐渐增强。
最终，你将能够学习神奇的能力，例如将你的身体变成攻击的武器或硬化你的皮肤以抵抗敌人的攻击。任务结束时，谜底揭晓。故事开始于1962年，
美国国防部及其下属的高级计划局（DRAPA）秘密成立了一个名为“黑色观察”的特别小组；其初衷是利用生化战来抵御来自美国和海外敌对势力的一切威胁。这支部队的所有行动都是最高机密。
1963年，“黑色观察”的研究人员发现了一种病毒。对灵长类动物的实验表明，该病毒可以通过DNA融合在基因水平上大大提高物种的智力、力量和其他身体要素。他们将这种病毒命名为DX-1118。然后，
以该病毒为中心的“黑光”项目启动。1964年，黑光计划正式开始。“黑色守望部队”在美国爱达荷州建立了一个名为“希望”的小镇，并把一批阵亡士兵的家属迁到了这个地方。
他们谎称这是模拟核战争后人类居住区的实验场所，但被蒙在鼓里的军人家庭对真正的计划一无所知。“黑色观察”给居民注射了病毒。此时，病毒似乎对感染者没有任何影响。在1965年，
我希望镇上的第一个婴儿出生，婴儿体内注射到其父母体内的病毒变异似乎对婴儿本身没有影响。然而，所有的平静在1968年8月被打破。霍普镇突然爆发了疾病，而黑色手表立即封锁了整个小镇。
近70%的居民被感染，其余的人被隔离在镇上等死。在经历了近一年的人间地狱后，1969年7月，人们希望镇上的400多名居民除一人外全部死亡。
唯一的幸存者名叫伊丽莎白格林（游戏中穿紧身衣扎马尾的女孩伊丽莎白格林），她被发现时已经怀孕。“黑色观察”的清理行动立即开始，他们带走了伊丽莎白格林。
用核弹将整个希望之城夷为平地。当时，上尉彼得兰德尔（游戏中的独臂将军彼得兰德尔）负责清理行动。伊丽莎白格林强行带走他时，他被抓伤了。
兰德尔毫不犹豫地砍掉了他的左臂以阻止感染（这就是为什么他是单臂的原因），由于他在销毁证据方面的立功表现，他被晋升为少校，后来成为将军和“黑色观察”的最高指挥官（这似乎与最后的superme hunter有关）。
“希望小镇”事件后，“黑光计划”停止，“黑光观察部队”的最高目的改为“发现并消灭美国土地上的所有未知病毒活动，无论是人为原因还是自然原因”。
伊丽莎白格林在随后的一个月被转移到马里兰州迪特里希堡的“黑色观察”基地，并在那里生下一名男婴。“黑色手表”给它起了一个代号PARIAH（意为“不可触碰”，网上有人认为是兰德尔，但绝对不是）。
并从母亲身边带走（孩子的命运暂时不能压）。在接下来的几十年里，格林与外界完全隔绝。有证据表明，在此期间，她没有生长、出汗、抽搐甚至眨眼，处于完全静止的状态。
仿佛在等待着什么。1989年，雷蒙德麦克马伦博士（雷蒙德麦克马伦，游戏中持枪自杀的眼镜男）创立了GENTEC，该公司成为“黑色手表”的下属研究机构。他认为黑色手表是短视的。
我无法认识到DX-1118病毒的价值，所以我重启了黑光计划，并将伊丽莎白格林调到GENTEC的研究中心，从她那里研究新进化的病毒变种。后来招募了“主角”阿历克斯墨瑟，
以及后来成为亚历克斯女友的凯伦帕克（游戏中的金发OL凯伦帕克）。后来，Black Watch发现GENTEC重启了禁忌实验，意图抢购。
此时，阿历克斯墨瑟在凯伦帕克的帮助下偷了一小瓶病毒样本并逃跑，以揭露这一对人类极其有害的秘密计划，但他遇到了前来车站拦截的黑人卧底特工。
绝望的阿历克斯墨瑟打破瓶子释放了病毒，他当场被枪杀。因为是在车站，当时有很多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情也埋下了伏笔。
阿历克斯墨瑟在警察局被枪击时已经死了，然后他在停尸房醒来。每个人在游戏中一直操纵的东西根本不属于人类。这是病毒沾到亚历克斯身上后在破瓶子里的形状和特征的遗传。
游戏的标题“原型”也是指他。在游戏的某一关，你还能听到将军的话：“不！再也不可能给他打电话了！应该是‘它’！”后来在电话中，你还可以看到亚历克斯和他的“合作者”之间的对话：“啊.你不再是人类了，
你只是一个病毒的黑色守望者。至于伊丽莎白格林在等待什么，即原型释放她，
而格林的台词‘我是你妈妈’并不意味着“原型”是她生下的婴儿，而是原型病毒来自她。游戏越发展，游戏的内涵就越清晰：人类所犯的错误只是为了掩盖，然后掩盖。
如果它不能被掩盖，它将不惜一切代价被销毁。然而，18天前刚刚出生的病毒“亚历克斯”知道要保护一些东西：保护他的“妹妹”，保护人类文明不被摧毁（在游戏结束时，曼哈顿将被军方用核弹摧毁），不要再次踏上希望镇的悲剧。
以下是游戏的基本故事流程：
Episode 1
Memory in Death
教学任务，病毒传播的第18天。
Unexpected Family
病毒传播的第一天。有人在宾州车站释放了一种未知病毒。阿历克斯墨瑟的尸体在解剖台上醒来，却不记得发生了什么。在吞噬了守夜人的追兵后，
阿历克斯墨瑟记得他有一个妹妹，达娜默瑟。
Episode 2
Past and Present
阿历克斯墨瑟试图回家寻找线索，并对事件的原凶手进行报复，但他遭到了“黑守望”的伏击。
Behind the Glass
丹娜在亚历克斯的电脑上发现了伊丽莎白格林这个名字。亚历克斯进入Gentek导致伊丽莎白格林逃脱，这引发了曼哈顿的第二波病毒感染。
Episode 3
The Wheels of Chance
阿历克斯墨瑟向他的前女友、Gentek员工凯伦帕克寻求帮助。
A New Order
凯伦帕克发现感染源来自两种不同的病毒株。
Episode 4
Open Conspiracy
里根号航空母舰抵达哈德逊湾，Blackwatch提高了动员级别。
In the Web
Blackwatch在城市地区大规模部署了病毒检测设备。Gentek董事长雷蒙德麦克马伦提供了Blackwatch来消除阿历克斯墨瑟病毒的病原体。
The Altered World
阿历克斯墨瑟干扰了病毒检测装置，试图接近麦克马伦，结局以失败告终。
Errand Boy
Karen Parker betrayed Alex Mercer. Alex Mercer was injected with pathogens by Robert Cross, the captain of the night patrol grid, and lost some of his abilities.
Episode 5
Under the Knife
病原体开始寄生并侵蚀阿历克斯墨瑟。亚历克斯去圣保罗医院找到了Gentek的前员工拉格兰德医生，请求他的帮助。
The Stolen Body
阿历克斯墨瑟和拉格兰博士潜入军事基地调查宾州车站病毒感染者的遗体。
Biological Imperative
拉格兰博士使用亨特作为培养基，成功地产生了针对病原体的抗体。阿历克斯墨瑟恢复了他原有的能力。
Episode 6
The Door in the Wall
丹娜被不知名的猎人绑架了。曼哈顿的感染水平继续上升。
First and Last Things
Alex Mercer uniform leader Hunter.
The First Monster
阿历克斯墨瑟吞噬了首领猎人，进一步找到了绑架黛娜的猎人，并在吞噬后知道了黛娜的位置。
Making the Future
利用军事火力，阿历克斯墨瑟进入核心巢穴寻找丹娜。
Children of Blacklight
“核心巢穴”的中心是“黑灯”病毒的核心携带者伊丽莎白格林。阿历克斯墨瑟将病原体注入格林体内，但它被格林排出体外并形成了Supreme Hunter。
阿历克斯墨瑟成功地救出了黛娜，但她陷入了昏迷。
Episode 7
Men Like Gods
一名身分不明的人士向Alex Mercer透露病毒的起源。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并导入使用病毒技术的超级士兵。
Dream of Armageddon
军方进一步在地面部属Bloodtox散布装置。出于自保，Alex Mercer企图颠覆Bloodtox的散布行动。
A World Set Free
军方打算利用特殊帮浦将Bloodtox打至地底，消灭躲藏的感染体。 Alex Mercer伪装成士兵进行护送。
Episode 8
Things to Come
帮浦就位，大量的Hunter与Hydra感染体从地底涌出。
On Instinct
躲藏在地底下的Elizabeth Greene现身，被Alex Mercer击杀并吞噬。
Shock and Awe
Elizabeth Greene已被消灭，Alex Mercer企图摧毁Bloodtox的生产设施，佯装失手后与McMullen对质。 McMullen为了不让Alex Mercer夺取记忆，
举枪自尽。
Episode 9
The Last Man
Alex Mercer的匿名连络人身分揭晓，他是Blackwatch的队长，Robert Cross。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。
Alex Mercer开始追踪地面部队的领袖。
Two Tickets
Alex Mercer将抗命逃亡的Ian Taggart吞噬掉。 Alex变化为Taggart的外观，与Cross两人成功登上哈德逊港外的USS Reagan。
终章
One Thousand Suns
Alex Mercer吸收了主导者Peter Randall将军。军队领袖与感染核心Elizabeth Greene都被消灭，扮成Cross的Supreme Hunter现出真面目，企图吞噬Alex。
消灭Supreme Hunter后，Alex将倒数引爆中的核弹载离纽约，沉入水底。核弹的威力将他炸飞，尸身的碎片在曼哈顿岛上吸收其他生物体，Alex Mercer二度复活。
上述的叙述法其实有个致命的错误：Alex Mercer早在游戏开始前的Penn Station事件中就死了，自认是Alex Mercer的男子，
其实只是吞噬了Alex的尸体以及部分记忆的Blacklight实验病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戏主角，
是以Alex Mercer的外观与部分记忆作为预设值的「Prototype」生物体。故事的趣味由此而生：Prototype自以为是Alex Mercer，
但是却不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化灾难中扮演什么角色，它基于错误的认知而展开复仇行动，因而导致更大的灾祸。
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